Margarete Kopelent wurde in Kraków (Krakau), Polen, geboren. Sie studierte zunächst an der Musikhochschule Krakau Cembalo bei Elżbieta Stefańska-Łukowicz sowie Klavier bei Ludwik Stefański. Dort wurde sie mit einem Studienpreis ausgezeichnet. Anschliessend absolvierte sie ein Studium in der Meisterklasse für Cembalo bei Johann Sonnleitner am Konservatorium Zürich, wo sie die Konzertreifeprüfung mit Auszeichnung bestand.
Weitere Studien folgten an der Schola Cantorum Basiliensis: Cembalo und Hammerflügel bei Andreas Steier, Generalbass und Kammermusik bei Jesper Bøje Christensen und Improvisation bei Rudolf Lutz. 1989 gewann sie den Rotary-Kunstpreis mit dem Zelenka-Ensemble, 1992 den Förderungspreis der Stadt Zürich.
Seit 1999 ist Margarete Kopelent Dozentin für Cembalo und Generalbass an der Zürcher Hochschule der Künste ZHdK (ehemals HMT Winterthur Zürich).
Ihre vielfältige musikalische Tätigkeit führte Margarete Kopelent sowohl in der Schweiz als auch im Ausland in zahlreiche Konzertsäle – oft verbunden mit diversen CD-, Radio- und Fernsehaufnahmen. So trat Sie bei verschiedenen internationalen Musikfestivals auf – darunter «Lucerne Festival», «Bodenseefestival», «Festival für Alte Musik Curitiba» (Brasilien) – und bereiste im Rahmen mehrerer Tourneen Europa sowie Südamerika. Dabei arbeitete sie unter anderem mit Musikern wie Masaaki Suzuki, Enrico Onofri, Daniel Hope, Nuria Rial, Mark Padmore, Pinchas Zukerman, Heinrich Schiff und Sir James Galway zusammen.
Im Jahr 2000 unternahm sie eine Tournee in die «Kultur- und Festival-Städte 2000» (Krakau, Prag, Avignon, Bergen) mit dem interdisziplinären Projekt «Madame, Monsieur» (Musik-Tanz-Architektur).
Margarete Kopelent tritt als Solistin und Kammermusikerin bei Produktionen Alter und Neuer Musik auf und arbeitet mit zahlreichen Orchestern und Ensembles zusammen – dazu gehören: Tonhalle Orchester Zürich, Zürcher Kammerorchester, Festival Strings Lucerne, La Chapelle Ancienne, Ensemble Pyramide, Ensemble Turicum, Camerata Schweiz.